Makmal Kesihatan Awam Kebangsaan (MKAK) merupakan sebuah organisasi di bawah Bahagian Kawalan Penyakit, Jabatan Kesihatan Awam, Kementerian Kesihatan Malaysia yang telah dibina bertujuan untuk memberi perkhidmatan sokongan kepada penyiasatan wabak dan aktiviti survelan. Terdapat lima buah Makmal Kesihatan Awam pada masa ini, iaitu Makmal Kesihatan Awam Kebangsaan, Sungai Buloh yang merupakan makmal kebangsaan dan 4 buah makmal regional, iaitu Makmal Kesihatan Awam Johor Bharu, Johor, Makmal Kesihatan Awam Ipoh, Perak, Makmal Kesihatan Awam Kota Kinabalu, Sabah dan yang terbaru iaitu Makmal Kesihatan Awam Perol, Kelantan.

Penubuhan MKAK telah dicadangkan dibawah Rancangan Malaysia ke-6 yang dibiayai oleh Bank Dunia. Pada Disember 1990, Bank Dunia telah melantik Parkin Consultant Limited dari Toronto, Kanada untuk memberi bantuan teknikal kepada Kementerian Kesihatan Malaysia bagi menyediakan “Project Brief” bagi Makmal Kesihatan Awam.

Cadangan awal Projek ini meliputi satu Makmal Kesihatan Awam Pusat dan beberapa Makmal Regional. Makmal Kesihatan Awam Pusat ditugaskan menjadi pusat sumber untuk latihan, perkembangan "method" dan "Quality Assurance". Pelaksanaan projek pembinaan bangunan makmal telah dimulakan pada bulan Julai, 1997. MKAK telah dibina diatas kawasan seluas 27.6 ekar dengan keluasan bangunan 6,865 meter persegi. Ianya menelan belanja sebanyak RM 27.7 juta iaitu RM21.7 juta adalah untuk pembinaan bangunan dan RM6 juta untuk peralatan.

Perasmian Makmal Kesihatan Awam Kebangsaan telah dilancarkan secara rasminya pada 3 Julai 2003 oleh Yang Berbahagia Dato’ Dr. Chua Jui Meng selaku Menteri Kesihatan Malaysia ketika itu. Makmal Kesihatan Awam Kebangsaan akan memberikan perkhidmatan yang menitikberatkan pemantauan penyakit dan makanan melalui sistem seroepidemiologi yang teratur serta menyelaras aktiviti makmal untuk aspek Kesihatan Awam yang menyeluruh dimasa hadapan.

Pada September 1999, satu pasukan kerja (Core-Team) telah ditubuhkan untuk pelaksanaan Makmal Kesihatan Awam yang diketuai oleh Dr. Fadzilah Binti Kamarudin dan dianggotai oleh beberapa ahli jawatankuasa yang terdiri daripada Pakar Patologi, Pakar Epidemiologi, Pegawai Sains (Kajikuman dan Biokimia), Juruteknologi Makmal Perubatan dan juga wakil daripada bahagian Perancang dan Pembangunan. Penyerahan MKAK telah dilaksanakan oleh pihak kontraktor kepada Kementerian Kesihatan Malaysia pada akhir tahun 1999. Penerimaan peralatan, pemasangan dan latihan penggunaannya dijalankan pada tahun 2000. Kemudiannya pada awal tahun 2001, Makmal Kesihatan Awam telah bersedia menawarkan perkhidmatan analisa makmal.